Coletivamente os tipos de agentes secretos são conhecidos como metsukes. Eles são agentes que atuam em nome de seus mestres, eles são enviados para cumprir missões especiais, missões que um samurai comum não pode realizar. Se um daimyou deseja negociar com outro daimyou, ele envia um kuge. Se ele deseja guerrear com outro daimyou, ele envia seus mushas e onmyoujis para as batalhas. Contudo, se o daimyou quer obter informações sobre outro país, dentro ou fora das fronteiras do império, se ele deseja que um samurai aprenda outra língua, outras técnicas de construção de navios, castelos, médicas, ele envia um metsuke.
Ninjas. Os guerreiros das sombras, mestres do subterfúgio e dos assassinatos, eles são os principais oponentes dos musha samurais. Não é raro que os mais famosos samurais possuam os mais famosos ninjas como seus inimigos e que esta inimizade se mantenha por décadas. Samurais podem ser ninjas, vale lembrar que samurai é um título em Lith, samurais costumam ser mushas, onmyoujis e kuges, além de ninjas. Ninjas são mais combatentes que os outros tipos, eles formam a base das comunidades ninjas. Desde criança são treinados nas artes da espada, corrente, lançamento de shurikens e kunais, aprendem a se esconder usando o ambiente, as multidões, a escuridão ou usando disfarces e camuflagens, eles copiam movimentos e sotaques de classes sociais, podem falar como nobres, eruditos, camponeses e estrangeiros. Estudam química e alquimia, física, geografia, anatomia, zoologia e botânica. Ninjas passam anos treinando formas de combate e o uso de uma miríade de armas.
Onmitsu. Os espiões entre os espiões, os onmitsus são ninjas que se especializam em infiltração e sabotagem, assassinatos não são incomuns em suas missões. Onmitsus são conhecidos por seus conhecimentos em venenos e as anchis, armas escondidas e disfarçadas de objetos comuns, o shikomizue é a anchi mais famosa. Uma gueisha pode ser uma onmitsu, um vendedor, um camponês, seu amigo de longa data. Onmitsus aprendem a se disfarçar, simular e dissimular, seduzir e esconder suas emoções, sentimentos e intenções, a abandonar sua individualidade, idiossincrasias e trejeitos. Entre os ninjas, eles são os que mais focam em infusões de venenos, anatomia e assassinatos silenciosos e limpos, eles aprendem atuação, artes e etiqueta. Kuges podem usar onmitsus como assistentes e auxiliares nas cortes ou como coletores de informações em gueishayas (casas de gueishas), mestres de chá etc. Membros da corte, nobreza e burgueses preferem usar onmitsus para inteligência e segurança pessoal dentro de castelos e cortes.
Shinobi. Os onmyoujis têm seus antagonistas nos shinobis, ambos usam a magia como arma principal em detrimento de espadas e golpes físicos. Onmyoujis são conhecidos por usar a mandala como fetiche de suas magias, os shinobis usam os mudras, fetiches com as mãos, usando uma combinação de movimentos e posições digitais. Entre os ninjas, os shinobis são os mais espalhafatosos, explosões e destruição seguem os shinobis. Contratar um shinobi é mais caro que contratar um onmitsu, mas certamente há uso para a pouca discrição usada por eles. Grupos de aventureiros podem ser reduzidos a pó com um shinobi, fábricas podem ser explodidas, tropas escondidas na névoa, soldados transformados em sombras, ilusões criadas etc.
Oniwaban. Enquanto os metsukes são os agentes especiais, os oniwaban são os guarda-costas especiais, enquanto um youjinbou segue seu senhor e o protege, os oniwaban percorrem cidades, cortes e organizações coletando informações para evitar que planos sejam concebidos e ações tomadas contra seu senhor.